Die Sammlung des Museums basiert auf Schenkungen von Else Wegener aus den 1960er Jahren, die in den Bestand des damaligen Neuruppiner Heimatmuseums aufgenommen wurden. Dieser Bestand von knapp 250 Objekten und Dokumenten ermöglichte die erste Ausstellung 1969 im ehemaligen Direktorenhaus der Glashütte, der früheren Wohnstätte der Familie. 1995 musste die Gedenkstätte aus diesem Haus ausziehen und wurde in verkleinerter Form am jetzigen Standort, der Alten Schule, untergebracht.
Seit 2006 haben wir die Sammlung neu gesichtet, digitalisiert und gezielt erweitert. Neben einigen Ankäufen erreichten uns auch Dauerleihgaben und Schenkungen, z.B. die originalen Zeltnägel der Grönland-Expedition. Aus dem Nachlass, etwa von Peter Harrer, dem Enkel Alfred Wegeners, wurden uns weitere Objekte und Dokumente übergeben. Besonders wertvoll sind ein handschriftlich kommentiertes Fotoalbum der Schiffreise von 1922 und ein seltenes, großformatiges Leporello des Expeditionsteilnehmers Johannes Georgi von 1930.

Die Sammlung des Alfred Wegener Museums umfasst heute knapp 500 Dokumente und Objekte. Auf brandenburg.museum-digital und in der Deutschen Digitalen Bibliothek haben wir 47 davon veröffentlicht. Weitere sollen folgen.